判定：负结果
数据源与对照规模：7 份 NCBI 公开蛋白组（4 个相关类群 + 3 个外群），3 个实验臂 × 3 个随机种子，端到端 98.4 秒
主要结论：在预注册主结论点，core 类翻转率为 17.2%，外围类别为 13.3%；“core 明显更稳”的方向性预测被推翻。
这些结果不支持：不支持“注释噪声不重要”，也不支持任何具体物种、基因或功能机制结论。
代码 / 原始结果 / 日志：代码、原始结果、日志和图在内部交付中齐全；按提交人的额外匿名要求，公开版不附含物种或基因专名的原始文件。
预注册预测认为，稳定出现的 core 类应明显比外围类别更不容易因注释缺失而改变。实测方向相反：在主结论点，core 类的翻转率为 17.2%，外围类别为 13.3%。
被推翻的是“core 天然更稳”这条方向性预测，不是“注释噪声不重要”。这意味着正式分析不能只给出一次确定性的类别比例，还应报告扰动后的不确定度。
更完整的研究需要加入基因组层面的缺失位点补救、独立的注释完整度评估，并验证类别翻转是否在不同数据版本和聚类阈值下保持。当前结果不提供任何具体功能机制结论。